Urodził się w Rostkowie pod Przasnyszem w końcu grudnia 1550r. jako syn kasztelana zakroczymskiego Jana Kostki oraz Małgorzaty z Kryskich. W wieku 14 lat wyprawiony został razem ze starszym bratem, Pawłem i pedagogiem Bilińskim do Wiednia. Uczęszczał tam do gimnazjum...