Żadna ze stron konfliktu krzyżackiego nie była zadowolona z postanowień pierwszego pokoju toruńskiego oraz zawartych później traktatów.
Jednocześnie pogarszająca się sytuacja gospodarcza państwa zakonnego (wysokie podatki i cła) powodowały wzrost nastrojów niezadowolenia wobec rządów zakonu krzyżackiego.
W 1440 roku miasta pruskie oraz szlachta Prus i Pomorza zawiązały Związek Pruski. W 1454 roku wobec rozwiązania Związku przez Zakon doszło do wybuchu antykrzyżackiego powstania. Powstańcy zwrócili się o pomoc do króla Kazimierza Jagiellończyka, który w dniu 6 III 1454 roku wydał akt inkorporacji Pomorza i Prus do państwa polskiego.
Przebieg wojny trzynastoletniej:
| Rok | Wydarzenie |
| 1454 | Inkorporacja Pomorza i Prus do Polski. |
| 1454 | Pospolite ruszenie zebrane w obozie pod Cerekwicą wymusza na królu Kazimierzu Jagiellończyku szereg przywilejów dotyczących wzrostu znaczenia sejmików ziemskich. |
| 1454 (18.IX) |
Pospolite ruszenie ponosi klęskę w bitwie pod Chojnicami. |
| 1457 | Kazimierz Jagiellończyk wykupuje z rąk najemników czeskich Malbork, Tczew i Iławę. |
| 1462 | Polskie zwycięstwo pod wsią Święcino – punkt zwrotny wojny; Polacy zaczynają odnosić zwycięstwa. |
| 1463 | Klęska floty krzyżackiej w bitwie na Zalewie Wiślanym. |
| 1466 | Pokój w Toruniu (II). |
Warunki drugiego pokoju toruńskiego (1466):
– do państwa polskiego zostały przyłączone: Pomorze Gdańskie, ziemia chełmińska, Warmia, Malbork i Elbląg,
– wielki mistrz zakonny miał składać królowi polskiemu przysięgę wierności, brać udział w radzie królewskiej i udzielać Polsce pomocy zbrojnej.
Pieczęć Kazimierza Jagiellończyka widniejąca na dokumencie pokoju toruńskiego