Przedstawione powyżej próby jakościowe w niektórych przypadkach mogą nie dawać jednoznacznej odpowiedzi na pytanie, czy identyfikowany przez nas nieznany związek jest tym, którego szukamy.
Warto zwrócić uwagę, że np. reakcji nitrowania ulega bardzo duża grupa związków różniących się znacznie od siebie budową, a warunkiem pojawienia się objawów reakcji nitrowania jest obecność w cząsteczce pierścienia aromatycznego.
Podobna sytuacja występuje, kiedy próbujemy zidentyfikować związek nienasycony. Pozytywny wynik reakcji z Br2 w CCl4 lub manganianem(VII) potasu może dać wiele różnych związków zawierających w cząsteczce wiązania podwójne lub potrójne pomiędzy atomami węgla. Nienasycony fragment może się znajdować np. w cząsteczce węglowodoru, alkoholu, aldehydu, ketonu czy kwasu karboksylowego.
Przeprowadzana próba Tollensa również daje pozytywny wynik nie tylko dla aldehydów,ale także dla cukrów redukujących i kwasu mrówkowego.
Odczyn Biala jest reakcją służącą do wykrywania cukrów będących pentozami. Stosowana jest także do wykrywania obecności kwasów nukleinowych, gdyż w ich cząsteczkach obecne są pentozy: ryboza i 2-deoksyryboza.
Reakcja biuretowa, czyli tworzenie barwnych kompleksów z jonami miedzi(II) w środowisku zasadowym jest charakterystyczna dla wszystkich układów zawierających przynajmniej dwie grupy amidowe. Ulegają jej, obok mocznika, peptydy i białka.
