Przyczyną zmienności genetycznej może być też tzw. imprinting genomowy, czyli genomowe piętnowanie rodzicielskie, polegające na modyfikacji chemicznej materiału genetycznego poprzez metylację DNA lub zmiany w strukturze chromatyny. Proces ten zachodzi podczas tworzenia się gamet. Takie specyficzne znakowanie genów lub fragmentów chromosomów sprawia, iż stają się one nieaktywne (czasowo lub stale). Następuje zatem zmiana ekspresji genów w zależności od ich pochodzenia rodzicielskiego (od ojca, czy od matki). Stąd imprinting genomowy jest mechanizmem regulującym ekspresję genów. Brak informacji genetycznej pochodzenia ojcowskiego lub matczynego jest odpowiedzialny za niektóre zespoły wad genetycznych człowieka lub za wystąpienie choroby autosomalnej recesywnej u dziecka rodziców, z których tylko jedno jest nosicielem choroby.