Podział systematyczny królestwa Protistów nie jest do końca ustalony, co wynika z bardzo dużego zróżnicowania zaliczanych do niego grup organizmów oraz różnego stopnia ich pokrewieństwa. Protisty są grupą parafiletyczną, gdyż pochodzą wprawdzie od wspólnego przodka, ale jest to równocześnie przodek roślin, zwierząt i grzybów. W literaturze istnieje kilka wersji systematyki protistów. Niektórzy badacze podają w wątpliwość zasadność łączenia tak różnorodnej grupy organizmów w obrębie wspólnego królestwa. Inni zmieniają rangę poszczególnych taksonów w obrębie królestwa. Dlatego też w niniejszym opracowaniu scharakteryzowano protisty ze względu na podobne cechy morfologiczne oraz tryb życia, dzieląc je na trzy grupy: protisty zwierzęce (pierwotniaki), protisty roślinopodobne (glony), protisty grzybopodobne. Dawniej organizmy te zaliczane były kolejno do królestwa zwierząt, roślin i grzybów.