Przodkami protistów i wszystkich eukariontów były różne komórki eukariotyczne, które powstały w wyniku stopniowych przekształceń komórek prokariotycznych. Przekształcenia te polegały kolejno na powstaniu systemu wewnątrzkomórkowych błon, wyodrębnieniu się z cytoplazmy jądra, powstaniu mitochondriów, a w niektórych komórkach także chloroplastów, dzięki endosymbiozie przez komórki eukariotyczne tlenowych oraz fotosyntetyzujących prokariontów.
Żyjące obecnie protisty mają bardzo zróżnicowaną organizację ciała.
Różnorodność form morfologicznych protisów
U jednokomórkowych występuje forma ameboidalna (pełzaka), kokoidalna (nieruchliwej komórki) lub wiciowcowa (z jedną lub dwiema wiciami, względnie z dużą liczbą krótkich rzęsek). Spotykane są także formy komórczakowe i kolonijne o różnych kształtach: płaskich, nitkowatych, kulistych. Komórki w kolonii połączone są śluzem lub ścianami komórkowymi, a niekiedy dodatkowo plazmodesmami. Protisty wielokomórkowe mają ciało zbudowane z plechy. Komórki w plesze utrzymują łączność między sobą za pomocą plazmodesm, ale stopień ich zróżnicowania nie jest duży – od jego braku do wytworzenia prymitywnych tkanek. Wyróżnia się kilka rodzajów plechy. Plechy komórczakowe zbudowane są z jednej lub wielu wielojądrzastych komórek. Nitkowate mają postać rozgałęzionej lub nierozgałęzionej nici, złączonej poprzecznymi ścianami oraz plazmodesmami. Plektenchymatyczne są płatowate. Powstają one z wielu plech nitkowatych, które zostały zlepione za pomocą śluzowaciejących ścian komórkowych. Plechy tkankowe zbudowane są z co najmniej kilku warstw komórek. Mogą być płatowate lub bryłowate. Bryłowate często zróżnicowane są na część łodygokształtną, liściokształtną oraz chwytnikową. W budowie wewnętrznej plech tkankowych pojawia się zróżnicowanie funkcjonalne poszczególnych grup komórek stanowiących zaczątki tkanek.
Wiele protistów posiada komórki otoczone ścianą komórkową zbudowaną z celulozy, dodatkowo wysyconej innymi substancjami, przede wszystkim krzemionką i węglanem wapnia. Substancje te mogą też tworzyć pancerzyki lub różnie ukształtowane wewnętrzne elementy wzmacniające. Z kolei u niektórych protistów pozbawionych ściany komórkowej pogrubieniu ulega błona komórkowa. Może być dodatkowo wzmocniona przez powstałe z błony pofałdowania i pęcherzyki zlokalizowane pod jej powierzchnią (tzw. pellikula).
Niektóre protisty jednokomórkowe posiadają wrażliwą na światło plamkę oczną oraz wodniczki: pokarmowe i tętniące.