Występuje w komórkach większości roślin, protistów i grzybów. Otoczona jest pojedynczą błoną plazmatyczną zwaną tonoplastem i wypełniona płynem (nieplazmatyczny składnik komórki), zawierającym duże ilości wody, a ponadto sole mineralne i związki organiczne (cukry, aminokwasy, białka, kwasy organiczne oraz wtórne metabolity, jak alkaloidy, glikozydy, garbniki).
Wakuole uczestniczą w utrzymywaniu turgoru w komórce. U roślin są zbiornikiem wodnym dla komórki, służą do magazynowania zbędnych produktów przemiany materii lub produktów składowanych tam czasowo. W komórkach protistów zwierzęcych mogą występować wodniczki trawiące (służą do pobierania i trawienia pokarmu) oraz wodniczki tętniące (uczestniczą w osmoregulacji).